有客戶問了這個問題，剛好忙著架格和網站，沒有能即時回覆，甚感抱歉。以往在回答這個問題，都只是口頭上回覆，較少透過文字。這次把它寫出來，順道也做一個紀錄。
製程不同
醋有很長久的釀造歷史，在人類的紀錄裡，出現的時間可能不會慢於酒。而且，以醋養生，自古便有之，中外皆然。醋的釀造方式，原理較為簡單。主要是因為醋酸菌的生活條件較為寬鬆，醋酸菌可以說是釀造系菌種中最為強勢的一種。
酵素則是近百年左右，才開始被重視，發展出酵素產品。由於生產目的有別於以往的醋或酒，因此，釀造酵素專用的菌種篩選，便成了一門較為獨特的技術。
營養成份不同
醋在中外養生的目的，主要是要利用裡面含有的“醋酸”。因此，在評價一瓶好的醋，通常會以裡面含有的醋酸量為標準。簡言之，越酸越好。不過，醋是發酵的最終成品，裡面的營養成份已經被醋酸菌耗盡。根據一份外國的文獻，內容提到，針對醋本身的研究其實不多，不過，曾有人將健康醋化驗，裡面的胺基酸、維生素等營養成份，其實所剩無幾。
酵素釀製最難的地方便是保持酵素的活性，一般釀造廠常用的方法便是靜置，以時間換取穩定性。但是，當酵素穩定後，道理便等同於醋的完成，內容、營養會被消耗。因此，如果靜菌、中止菌的發酵（非加熱），以保有原物料應有的酵素及營養成份，便成了研究的重要課題。
功效不同
醋的功效，較有根據的文獻說法，是利用其有機酸，也就是醋酸，介入人體的“檸檬酸”循環系統（又稱克氏循環）。進而幫助人體代謝過多的磷酸及乳酸，達到人體成弱鹹性的目的。但是，醋的功效有其極限，長期飲用可能會使身體適應而減弱效果。又如腸道菌長期適應酸性環境，也可能造成變異株，不再懼怕酸性液體。
而酵素則不同，酵素的功效較為多樣化。一般酵素商品或是自製酵素的內容物，必然會有的即是消化型酵素，這也是許多人會發現只要喝了酵素便容易排便。而更好的酵素，則能達成特殊的目的，例如納豆酵素針對心血管的保養、淨化，輔酶Q10的效用。
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